Creado en 1990 como curso de Máster, el Programa de Posgrado en Ecología de la Universidad Federal de Rio de Janeiro (PPGE-UFRJ) ha tenido como meta principal buscar la excelencia en la formación de profesionales en diversas áreas de ecología, lo cual se vio reforzado con la implementación del curso de Doctorado en 1995. Administrado por el Departamento de Ecología del Instituto de Biología, el PPGE-UFRJ es un programa multiinstitucional, que reúne investigadores que actúan en diferentes áreas de ecología en las diversas unidades de la UFRJ. En su inicio, el PPGE-UFRJ contaba con 23 profesores permanentes. Actualmente, son 33 profesores acreditados, de los cuales 27 son del núcleo permanente, 6 colaboradores y 15 becarios de productividad del CNPq (Consejo Nacional de Desarrollo Científico y Tecnológico). El cuerpo docente incluye profesores y profesoras de la UFRJ, UNIRIO, UERJ, UFF, JB/RJ, entre otros.
El PPGE-UFRJ es compuesto por seis líneas de investigación que abarcan los niveles de organización en ecología de organismos a ecosistemas, así como en áreas enfocadas al manejo de especies, conservación, gestión y educación ambiental. El PPGE-UFRJ ha concentrado sus actividades de investigación en el complejo atlántico, abarcando bosques, campos de altitud, restinga, pantanos, estuarios, manglares, aguas continentales, playas, plataformas continentales y mar abierto, y recientemente ha iniciado estudios enfocados en el área de ecología urbana. También se estudian sistemas fuera del estado de Río de Janeiro, principalmente con fines comparativos, como es el caso de lagos y vegetación en la Amazonía, lagos en el pantanal, vegetación y fauna en el cerrado y ambientes antárticos. El enfoque de investigación del PPGE-UFRJ varía desde la ecofisiología hasta la biogeografía, con experimentos de laboratorio, microcosmos y estudios a largo plazo. El programa ha fomentado esta diversidad de enfoques en la investigación y, en consecuencia, en la docencia.
Su misión es formar profesionales en el área de las ciencias ecológicas con una fuerte base científica y ética, a partir de la generación de conocimiento y el desarrollo de competencias que les permitan promover la integración entre academia, política y sociedad.
Su visión es la de consolidarse como una referencia en investigación en ecología nacional e internacional a partir de la incorporación de los nuevos profesionales resultantes del programa en instituciones de investigación, del poder público, organizaciones no gubernamentales y empresas que trabajen en el área de ecología, en la elaboración de políticas ambientales o en la resolución de problemas ambientales.