Criado em 1990, como curso de Mestrado, o Programa de Pós-Graduação em Ecologia da Universidade Federal do Rio de Janeiro (PPGE-UFRJ) tem tido como meta principal buscar excelência na formação de profissionais em diversas áreas da ecologia, o que foi reforçado com a implantação do curso de Doutorado, em 1995. Administrado pelo Departamento de Ecologia do Instituto de Biologia, o PPGE-UFRJ é um programa multi-institucional, que reúne em seu quadro pesquisadores credenciados que atuam em diversas áreas da Ecologia nas diferentes unidades da UFRJ. Em seu início, o PPGE-UFRJ contava com 23 professores permanentes. Atualmente, o PPGE-UFRJ tem 33 docentes credenciados, dentre os quais 27 são do núcleo permanente, 6 são colaboradores e 15 são bolsistas de produtividade do CNPq. O corpo docente inclui professores e professoras da UFRJ, UNIRIO, UERJ, UFF, JB/RJ, entre outros.
O PPGE-UFRJ possui seis linhas principais de pesquisa que perpassam os níveis de organização em ecologia organismos a ecossistemas, bem como as áreas voltadas ao manejo de espécies, conservação, gestão e educação ambiental. O PPGE-UFRJ tem concentrado suas atividades de pesquisa no complexo atlântico, abrangendo florestas, campos de altitude, restingas, pântanos, estuários, mangues, águas continentais, praias, plataforma continental e oceano aberto, e recentemente tem iniciado estudos voltados para a área de ecologia urbana. Adicionalmente, sistemas fora do estado do Rio de Janeiro também são estudados, na maior parte das vezes com fins comparativos, como é o caso de lagos e vegetação na Amazônia, lagos no pantanal, vegetação e fauna no cerrado e ambientes antárticos. A abordagem das pesquisas do PPGE-UFRJ vai da ecofisiológica à biogeográfica, o que pode envolver experimentos em laboratório, microcosmos aos estudos de longa duração. O programa tem incentivado essa diversidade de abordagem na pesquisa e, consequentemente, no ensino.
A missão do PPGE-UFRJ é formar profissionais na área das ciências ecológicas com uma forte base científica e ética, a partir da geração de conhecimento e o desenvolvimento de competências que os permitam promover a integração entre a academia, a política e a sociedade.
A visão do PPGE-UFRJ é se consolidar como uma referência na pesquisa ecológica nacional e internacional a partir da inserção profissional dos novos pesquisadores oriundos do programa em instituições de pesquisa, instâncias do poder público, organizações não governamentais e empresas que trabalhem com questões ecológicas, na elaboração de políticas ambientais ou em soluções de problemas ambientais.