O PPGE-UFRJ dispõe de uma sala de aula própria (sala 06, localizada no bloco A do Centro de Ciências as Saúde-CCS), uma secretaria localizada Prédio das Pós-Graduações do IB/UFRJ (interblocos A-B do CCS), bem como laboratórios equipados com logística para o desenvolvimento de pesquisas em ambientes terrestres, de água doce e marinhos. O PPGE-UFRJ também faz uso de salas de aula e sala de reuniões localizadas no Prédio das Pós-Graduações do IB/UFRJ, bem como utiliza, para eventos como palestras e defesas, o Salão Azul do Instituto de Biologia da UFRJ. O PPGE dispõe de um canal no Youtube, Instagram e Facebook onde divulga as palestras remotas do Programa.